Судебная экспертиза в арбитражном суде может проводиться как в государственном судебно-экспертном учреждении, так и в негосударственной экспертной организации. Также, к проведению экспертизы могут привлекаться лица, обладающие специальными знаниями, но не являющиеся сотрудниками экспертного учреждения или организации.

Перед назначением экспертизы, по ходатайству или с согласия лиц, участвующих в деле, суд согласовывает с этими лицами и экспертной организацией размер вознаграждения, подлежащего выплате за экспертизу. Кроме того устанавливается срок, в течение которого лица, заявившие ходатайство о проведении экспертизы или давшие согласие на ее проведение, обязаны внести соответствующие денежные суммы на депозитный счет суда.

Если указанные лица не исполняют свою обязанность по внесению денежных сумм на депозитный счет суда в установленный срок, суд выносит определение об отклонении ходатайства о назначении экспертизы. В таком случае, руководствуясь положениями части 2 статьи 108 и части 1 статьи 156 Кодекса, суд рассматривает дело на основе имеющихся в нем доказательств. Однако, если дело не может быть рассмотрено на основании других представленных сторонами доказательств, суд вправе назначить экспертизу при условии согласия экспертной организации. В этом случае оплата экспертизы будет осуществляться в порядке, предусмотренном частью 6 статьи 110 Кодекса.

Перечисление денежных средств экспертной организации осуществляется с депозитного счета суда на основании судебного акта. Суд выносит данный акт по окончании судебного заседания, в котором было исследовано заключение эксперта.